Historycznie w ramach chrześcijaństwa pojawiły się różne formy nietrynitaryzmu. Termin ten może odnosić się do wszelkich przekonań na temat natury Jezusa Chrystusa, które potwierdzają Boga jako pojedynczą istotę i odrzucają doktrynę Trójcy Świętej, jak to zostało potwierdzone przez główny nurt chrześcijaństwa: konsensus biskupów chrześcijańskich na I Soborze Nicejskim w 325 roku. Nietrynitaryzm był szczególnie rozpowszechniony w czasie teologicznych zawirowań reformacji protestanckiej. Hiszpański lekarz Michał Serwetus studiował Biblię i doszedł do wniosku, że tradycyjnie pojmowana koncepcja Trójcy Świętej nie jest biblijna. Jego książki O błędach Trójcy Świętej i Christianismi Restitutio wywołały wielkie poruszenie. Serwetus został w końcu aresztowany, skazany za herezję i spalony na stosie w Genewie w 1553 roku.
Termin „unitarianin” wszedł do języka angielskiego za sprawą Henry’ego Hedwortha, który zastosował go do nauk Laelio Sozziniego i polskich socynian. Kościoły unitariańskie zostały formalnie założone w Siedmiogrodzie i w Polsce (przez socynian) w drugiej połowie XVI wieku. Tam ustalono pierwsze w Europie doktryny wolności religijnej (w trakcie kilku diet w latach 1557-1568, zob. Edykt z Turdy) pod jurysdykcją Jana Zygmunta, króla Węgier i księcia Siedmiogrodu, jedynego monarchy unitariańskiego. Wczesny kościół unitariański odrzucał nie tylko Trójcę Świętą, ale także preegzystencję Chrystusa, a także w wielu przypadkach predestynację i grzech pierworodny, jak to przedstawił Augustyn z Hippony, oraz zastępcze zadośćuczynienie Chrystusa rozwinięte przez Anzelma z Canterbury i Jana Kalwina. W początkach ruchu unitariańskiego istniało kilka różnych form chrystologii; ostatecznie dominującą chrystologią stał się psilantropizm: że Jezus był człowiekiem, ale posiadającym wyjątkową relację z Bogiem.
Wielka Brytania
Pod wpływem nauk polskich socynian Samuel Clarke (1675-1729) zrewidował Book of Common Prayer, usuwając trynitarne Nicene Creed i odniesienia do Jezusa jako Boga. Theophilus Lindsey również zrewidował Book of Common Prayer, dopuszczając bardziej tolerancyjną, swobodną interpretację unitariańską. Żaden z duchownych nie został oskarżony na podstawie ustawy o bluźnierstwie z 1697 r., która uznawała za „przestępstwo każdą osobę wykształconą lub wyznającą religię chrześcijańską, która pisząc, głosząc, nauczając lub przemawiając zaprzecza Trójcy Świętej”. Akt Wolności (1689) dał ulgę angielskim Dissenters, ale wykluczył Unitarians. Wysiłki Clarke’a i Lindseya spotkały się z poważną krytyką ze strony bardziej konserwatywnego duchowieństwa i świeckich Kościoła Anglii. W odpowiedzi, w 1774 roku Lindsey złożył wniosek o rejestrację Essex House jako „Dissenting place of worship” z pomocą adwokata Johna Lee. W niedzielę po rejestracji – 17 kwietnia 1774 roku – pierwsza prawdziwa kongregacja unitariańska dyskretnie zebrała się w tymczasowej kaplicy przy Essex Street. Obecni byli Lee, Joseph Priestley i agent Kolonii Massachusetts, Benjamin Franklin. Priestley również założył kongregację reformowaną, ale po spaleniu jego domu w zamieszkach w Priestley, uciekł z żoną do Ameryki, gdzie stał się czołową postacią w zakładaniu kościoła na ziemi amerykańskiej.
Gdy świeccy i duchowni złagodzili swój gwałtowny sprzeciw wobec Doctrine of the Trinity Act 1813, który wreszcie pozwolił na ochronę odmiennych religii, w 1825 roku powstało Brytyjskie i Zagraniczne Stowarzyszenie Unitariańskie. Jego siedzibą jest Essex Hall, następca Lindsey’s Essex House. Dwa znaczące w życiu kraju zgromadzenia to Cross Street Chapel w Manchesterze i Newington Green Unitarian Church w północnym Londynie. Obecnie kongregacje unitariańskie w Wielkiej Brytanii spotykają się pod auspicjami Generalnego Zgromadzenia Kościołów Unitariańskich i Wolnych Chrześcijan. W całej Wielkiej Brytanii istnieje 170 wspólnot unitariańskich.
Stany Zjednoczone
W Stanach Zjednoczonych ruch unitariański rozpoczął się przede wszystkim w kongregacyjnych kościołach parafialnych Nowej Anglii, które były częścią kościoła stanowego Massachusetts. Kościoły te, których budynki można jeszcze dziś zobaczyć na wielu rynkach miast Nowej Anglii, wywodzą się z podziału kolonii purytańskich na parafie w celu zarządzania ich potrzebami religijnymi. Pod koniec XVIII wieku w niektórych z tych kościołów narastał konflikt między frakcjami unitarian i trynitarzy. W 1805 roku unitarianie zdobyli kluczowe stanowiska na wydziale Harvardu. W 1819 roku William Ellery Channing wygłosił w Baltimore kazanie ordynacyjne dla Jareda Sparksa, nakreślając stanowisko unitarian. Amerykańskie Stowarzyszenie Unitariańskie zostało założone jako odrębna denominacja w 1825 roku. Przez przypadek i bez wiedzy obu stron, AUA zostało utworzone tego samego dnia – 26 maja 1825 roku – jako Brytyjskie i Zagraniczne Stowarzyszenie Unitarne.
W XIX wieku, pod wpływem Ralpha Waldo Emersona (który był unitariańskim pastorem) i innych transcendentalistów, unitarianizm rozpoczął długą drogę od liberalnego protestantyzmu do swojej obecnej, bardziej pluralistycznej formy.